格式化磁碟機時，瞭解不同格式化選項非常重要。USB隨身碟中最常用的檔案系統是：
• FAT32：
fat32是您會聽到的常見選項，因為它可以被 Mac 和 Windows 作業系統識別，但它不提供安全性，並且它將檔案大小限制為 4GB。大多數 USB隨身碟都具有開箱即用的 FAT32檔案系統。它是較舊/現代電腦（PC 和 Mac）以及遊戲機和其他帶有 USB 埠的設備最理想的檔案系統。
• exFAT
exFAT也是USB隨身碟的理想檔案系統。它沒有 4GB 檔大小限制，並且與大多數 Windows 和 Mac 作業系統相容。較舊的作業系統可能需要更新才能正確讀取和寫入具有 exFAT 檔系統的 USB隨身碟。
• NTFS
NTFS格式是 Windows 喜歡默認使用的檔案系統，用於運行作業系統的內部磁碟機或用作外接磁碟機。它的最大檔案大小要大得多，但在 Mac OS X 上是查看，NTFS是唯讀的（除非您安裝了NTFS 讀/寫實用程式）。
• Mac OS Extended
是 Mac 用戶的原生解決方案，具有其中任何一個的最大檔案大小。僅當磁碟機僅用於 Mac OS 時才使用此選項。如果沒有專用的實用程式，Windows 將不會檢測到此檔案系統。
