檔案系統是作業系統和磁碟機之間的接口。當作業系統請求從硬碟讀取檔案時，會請求對應的檔案系統（FAT16/FAT32/NTFS）打開該檔案。扇區是磁碟的最小物理存儲單元，但由於作業系統無法尋址大量扇區，作業系統將相鄰扇區組合在一起，形成一個簇，然後對簇進行管理。每個簇可以包括 2、4、8、16、32 或 64 個扇區等。顯然，簇是作業系統使用的邏輯概念，而不是物理概念。
為了更好的管理磁碟空間，更高效的從硬碟讀取資料，作業系統規定一個簇只能放置一個檔案，所以檔案佔用的空間只能是簇的整數倍；如果檔案實際大小 小於一個簇的話，也會佔用一個簇的空間。如果檔案的實際大小 大於一個簇，按照邏輯計算，文件會佔用兩簇的空間。因此，一般情況下，檔案佔用的空間會比檔案本身略大，只有在少數情況下，即當檔案的實際大小正好是簇的整數倍時，檔案的實際大小才會與占用空間完全一致。
一個簇只能容納一個檔案的佔用。即使檔案只有0字節，也不允許兩個或多個檔案共享一個簇，否則會造成數據混亂。
顯然，簇的大小直接影響指令的尋址速度。大集群和快速尋址速度浪費磁碟空間，反之亦然！當我們不能改變USB通信接口時，適當增加集群大小將是一種方法。